Το Τμήμα Αξιολόγησης Προγραμμάτων και Αξιοποίησης Ερευνητικών και Τεχνολογικών Υποδομών Φορέων είναι αρμόδιο για: α) την παρακολούθηση των επιστημονικών δραστηριοτήτων των ερευνητικών και τεχνολογικών φορέων, β) το σχεδιασμό ερευνητικών προγραμμάτων για την ενίσχυση των εποπτευομένων φορέων, την προκήρυξη, την παρακολούθηση των διαδικασιών αξιολόγησης, διαχείρισης και παραλαβής των έργων αυτών, γ) τη χρηματοδότηση ερευνητικών προγραμμάτων των εποπτευομένων ερευνητικών και τεχνολογικών φορέων με τη διαδικασία των έμμεσων πληρωμών στο πλαίσιο επιχειρησιακών προγραμμάτων που προκηρύσσονται από άλλους φορείς, δ) την εισήγηση για χρηματοδοτήσεις των εποπτευόμενων φορέων από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων, ε) την αξιολόγηση και αποτίμηση του έργου των εποπτευόμενων φορέων και την κατάρτιση των απαραίτητων αποφάσεων και διοικητικών πράξεων, στ) την ανάπτυξη, αναβάθμιση, επέκταση, τροποποίηση, και χρηματοδότηση ερευνητικών και τεχνολογικών υποδομών των εποπτευομένων φορέων, ζ) τον χειρισμό κάθε άλλου συναφούς θέματος.