Το Τμήμα Καινοτομίας είναι αρμόδιο για: α) την εξειδίκευση και προκήρυξη προγραμμάτων καινοτομίας και την αξιολόγηση των προτάσεων, β) την ανάθεση έργων καινοτομίας, την παρακολούθηση της εκτέλεσης των έργων, την αξιολόγηση των ενδιάμεσων και τελικών εκθέσεων και την παραλαβή τους, γ) Τον έλεγχο και την πιστοποίηση δαπανών επιστημονικής και τεχνολογικής έρευνας των επιχειρήσεων και τη χορήγηση σχετικής βεβαίωσης δαπανών, δ) τη λήψη μέτρων μεταφοράς τεχνολογίας, ε) τον χειρισμό κάθε άλλου συναφούς θέματος.