Η ΓΓΕΚ παρακολουθεί και συντονίζει τη συμμετοχή της Ελλάδος σε  Διεθνείς/Διακρατικούς Οργανισμούς (ΔΟ), κυρίως ερευνητικού και τεχνολογικού προσανατολισμού, στους οποίους η χώρα είναι μέλος. Συμμετέχει μέσω εθνικών εκπροσώπων (στελέχη ΓΓΕΚ και εμπειρογνώμονες εκτός ΓΓΕΚ) στα όργανα διοίκησης (συμβούλια, επιτροπές κτλ).

Συγκεκριμένα, η ΓΓΕΤ είναι αρμόδια για τους ακόλουθους διεθνείς οργανισμούς :

• ΟΟΣΑ / OECD
• CERN/Centre Europeen de Recherche Nucleaire – Ευρωπαϊκός Οργανισμός Πυρηνικών Ερευνών,
• EMBL (European Molecular Biology Laboratory), EMBO (European Molecular Biology Organization) και EMBC (European Molecular Biology Conference),
• EUREKA
• International Astronomical Union (IAU)- Διεθνής Αστρονομική Ένωση)