Στην αρμοδιότητα της ΓΓΕΚ, σύμφωνα με τον  N. 4310/2014 «Έρευνα, Τεχνολογική Ανάπτυξη και Καινοτομία και άλλες διατάξεις»  (ΦΕΚ  258/ Α’/8.12.2014) και την τροποποίηση αυτού με τις διατάξεις του Ν. 4386/ 2016 «Ρυθμίσεις για την έρευνα και άλλες διατάξεις» (ΦΕΚ  83/ Α’/ 11.5.2016), ανήκουν:

1.    Ο σχεδιασμός και ο συντονισμός υλοποίησης της ΕΣΕΤΑΚ.

2.    Η εποπτεία των ερευνητικών οργανισμών που υπάγονται στην αρμοδιότητά της σύμφωνα με τις κείμενες σχετικές διατάξεις.

3.    Η συμβολή για την εξειδίκευση της ΕΣΕΤΑΚ και η εφαρμογή του σχεδίου δράσης υλοποίησής της με ανάλογο προγραμματισμό και συντονισμό σε συνεργασία με τους αντίστοιχους συνδέσμους ΕΤΑΚ και τη Συντονιστική Επιτροπή ΕΤΑΚ.

4.    Η αρμονική σύνδεση της ΕΣΕΤΑΚ και του σχεδίου δράσης για την υλοποίησή της με το εθνικό σχέδιο αξιοποίησης εθνικών και ενωσιακών πόρων της νέας περιόδου 2014-2020 και κάθε άλλης συναφούς περιόδου.

5.    Η υποβολή εισηγήσεων στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων για την διαμόρφωση του Σχεδίου Δράσης και κάθε επικαιροποίησή του.

6.    Η προκήρυξη δράσεων και προγραμμάτων ΕΤΑΚ, μετά από εισήγηση του ΓΓΕΚ και απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Επενδύσεων, η αξιολόγηση, η παρακολούθηση της υλοποίησης και η χρηματοδότηση προτάσεων, η πιστοποίηση συνδρομής των όρων εφαρμογής των κινήτρων που προβλέπονται για την δημόσια χρηματοδότηση των δραστηριοτήτων ΕΤΑΚ και η διερεύνηση των επιπτώσεών τους στην οικονομική, κοινωνική και πολιτιστική ζωή και στην άμυνα της χώρας.

7.    Η υποβολή εισηγήσεων για τη σκοπιμότητα, τη διαδικασία και τα κριτήρια χρηματοδοτήσεων από εθνικούς πόρους και πόρους της Ευρωπαϊκής Ένωσης λαμβάνοντας υπόψη τις εθνικές προτεραιότητες, τα διεθνή δεδομένα, την ανάγκη ενίσχυσης της ανταγωνιστικότητας, της απασχόλησης και κάλυψης των κοινωνικών και οικονομικών αναγκών της χώρας και τις διεθνείς δεσμεύσεις της χώρας.

8.    Η συλλογή και ταξινόμηση ερευνητικών δεδομένων για την αποτίμηση των αποτελεσμάτων εφαρμογής της ΕΣΕΤΑΚ, η ετήσια καταγραφή της αποδοτικότητας των ερευνητικών οργανισμών και η περιοδική αξιολόγησή τους, όπως ορίζεται στον παρόντα νόμο.
9.    Η σύνταξη ετήσιας έκθεσης πεπραγμένων με την οποία γίνεται αποτίμηση ερευνητικών αποτελεσμάτων και των επιπτώσεων της πολιτικής και των επιμέρους μέτρων και κινήτρων για την ανάπτυξη της ΕΤΑΚ.

10.    Η δημιουργία, φιλοξενία και συντήρηση, σε συνεργασία με άλλους εποπτευόμενους φορείς του εθνικού μητρώου ερευνητών, ερευνητικών οργανισμών και υποδομών.

11.    Η συνεργασία με διεθνείς οργανισμούς σε θέματα ΕΤΑΚ και η εκπροσώπηση της χώρας σε αυτούς.

12.    Η διοργάνωση εθνικών και διεθνών εκδηλώσεων που προωθούν την ΕΤΑΚ.

13.    Η συμβολή στο σχεδιασμό των προγραμμάτων των περιφερειών της χώρας για την αποτελεσματικότερη διαχείριση των εθνικών και ενωσιακών πόρων.

14.    Η υποβολή προτάσεων προς τον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων για τη σύσταση, τροποποίηση, συγχώνευση, κατάργηση ερευνητικών οργανισμών, σύμφωνα με τις διατάξεις της παραγράφου 5 του άρθρου 13, όπως ισχύει, η διοικητική και γραμματειακή υποστήριξή του ΕΣΕΤ και των Τομεακών Επιστημονικών Συμβουλίων (ΤΕΣ).

15.    Η συλλογή και ταξινόμηση των δεδομένων για την αξιολόγηση της προόδου της χώρας στην ανάπτυξη της ΕΤΑΚ με βάση δείκτες μέτρησης της αποτελεσματικότητας, σύμφωνα με τη διεθνή πρακτική, όπως αναλύεται στο άρθρο 32 του παρόντος.